Spojil své medicinské zaměření se sportem. Po vstupu na lékařskou fakultu v roce 1972 se stal trenérem mládeže v basketbalu. Po promoci v roce 1978 pracoval téměř dvacet let na chirurgickém oddělení Nemocnice ministerstva vnitra v Praze. Vykonával funkce trenéra postupně u mládeže, ženského družstva, juniorských reprezentací a posledních šest let /1992-1998/ u špičkového mistrovského družstva mužů v USK Praha. V té době působil jako lékař u družstva juniorské i seniorské reprezentace.
Postupně, již jako traumatolog chirurgického oddělení, inklinoval k moderní artroskopické operativě kolenních kloubů a léčbě pohybového aparátu sportovců. Od roku 1998 otevřel privátní ambulanci a poradnu pro pohybový aparát. V tomto roce se stává také šéflékařem SK Slavia Praha (fotbal). V současnosti se plně věnuje své medicínské praxi.
Na jeho ambulanci se potkávají také pacienti ze všech ostatních druhů sportů, včetně baletek a tanečníků Národního divadla /v jednu dobu měl raritně svěřená družstva na 1. místě v I. lize fotbalu, I. lize házené žen a I. lize basketbalistů/.
MUDr. Josef Maurer atestoval I. a II. stupeň chirurgie, absolvoval odborné stáže na předních pracovištích u nás i v zahraničí. Publikuje a přednáší na setkáních jak lékařské veřejnosti, tak sportovcům a trenérům.